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O Comitê de Administração é o órgão responsável pela administração do CONDESUS. Este é constituído por um Presidente, um Vice-presidente e um Secretário, escolhidos dentre os membros da Assembleia Geral. Para tanto o art. 8º, do Regimento Interno do consórcio, estabelece as seguintes competências para o órgão:
I - planejar e executar os atos e ações de natureza administrativa do CONDESUS, inclusive os relacionados à regulamentação, operacionalização ou coordenação, por meio da Diretoria Executiva, dos serviços prestados pelo CONDESUS ou por seu intermédio;
II - adotar os conceitos de gestão estratégica na busca do aperfeiçoamento contínuo e da melhoria dos resultados do CONDESUS;
III - elaborar e apresentar proposta de resolução para alteração no quadro de pessoal do CONDESUS, como o número de cargos ou funções, as formas de provimento e remuneração, bem como os respectivos reajustes, segundo as diretrizes estabelecidas no Plano de Cargos, Carreiras e Salários;
IV - deliberar sobre:
a) contratação de pessoal, inclusive por tempo determinado, de forma emergencial, para atender necessidade temporária de excepcional interesse público nos termos da lei, especialmente nos seguintes casos:
1. assistência a situações de calamidade pública;
2. assistência a emergências em saúde pública, como surtos epidêmicos;
3. combate a emergências ambientais, condicionada ao reconhecimento e declaração de sua existência pela Assembleia Geral;
4. atividades técnicas especializadas necessárias à implantação de órgãos ou entidades ou de novas atribuições definidas para organizações existentes ou as decorrentes de aumento transitório no volume de trabalho que não possam ser atendidas pelo pessoal do quadro do CONDESUS;
5. admissão de pesquisador, nacional ou estrangeiro, para projeto de pesquisa com prazo determinado, em instituição destinada à pesquisa;
b) exoneração ou extinção contratual cuja competência para celebrar não seja da Assembleia Geral;
V - requisitar a cessão de servidores dos entes consorciados, estabelecendo e fixando o seu prazo e qual Administração Pública arcará com os respectivos ônus, inclusive com os de remuneração;
VI - elaborar projeto de alteração do Estatuto ou do Regimento, submetendo tal proposição à aprovação da Assembleia Geral;
VII - elaborar, com a cooperação do Conselho Fiscal, a Peça Orçamentária e executá-la, tal qual ao Plano Anual de Metas e Atividades;
VIII - celebrar os contratos de rateio, em novembro;
IX - reunir-se, ordinariamente, 1 (uma) vez a cada 2 (dois) meses, com intervalo mínimo de 30 (trinta) dias, ou, extraordinariamente, a qualquer tempo, sempre que convocado.