Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs. No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado.

Os bandeirantes paulistas também estiveram por aqui, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.

No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado.

Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou onde hoje é o município de Jaquirana em seu território até 1878.